Марио Анчич начал заниматься теннисом в возрасте семи лет и стал профессионалом в 2001 году. Впервые он произвел фурор в 2002 году, когда победил Роджера Федерера в первом раунде Уимблдона , для которого это было последнее поражение на траве до финала Уимблдона в 2008 году.
В 2003 году Анчич неожиданно вышел в 1/8 финала Открытого чемпионата Австралии по теннису . В том же году у него был сильнейший игрок сезона на Открытом чемпионате Франции в то время, Андре Агасси , на грани поражения, но, несмотря на преимущество сета 2: 0, он проиграл всего 5: 7 в пятом сете.
В 2004 году он впервые в своей карьере вышел в финал турнира ATP на турнире в Милане , где в третьем сете проиграл Антони Дюпюи из Франции 6-7. Он также дошел до полуфинала Уимблдона в том же году, очень четко победив британца Тима Хенмана в четвертьфинале. Однако в полуфинале он проиграл Энди Роддику в четырех очень близких сетах. Кроме того, Анчич выиграл бронзу в парном разряде с Иваном Любичичем на Олимпийских играх .
В 2005 году Анчичу впервые удалось выиграть турнир в Ден Бош, когда он победил специалиста по парным играм Михаэля Льодру в финале турнира на траве . Он также дошел до финала турниров в Скоттсдейле и Токио в 2005 году , но проиграл там своим якобы более слабым соперникам Уэйну Артурсу и Уэсли Муди . В декабре 2005 года Анчич выиграл Кубок Дэвиса с Хорватией и сыграл важную роль, победив в решающем матче Михала Мертиняка из Словакии.
В 2006 году Анчич сразу же вышел в финал подготовительного турнира к Открытому чемпионату Австралии в Окленде после суверенного турнирного курса, но был подчинен Яркко Ниеминену из Финляндии . В феврале он также вышел в финал в Марселе , но проиграл Арно Клеману из Франции . В мае Анчич выиграл неофициальный титул чемпиона мира с Хорватией в Дюссельдорфе на командном чемпионате мира в Араге, одержав окончательную победу над Германией. Он также дошел до четвертьфинала на Открытом чемпионате Франции и Уимблдоне в том же году и едва не попал в квалификацию Masters Cup. На Открытом чемпионате Австралии 2007 года он выбыл после захватывающего и очень открытого матча после пяти сетов (3: 6, 6: 3, 1: 6, 7: 5 и 4: 6) против Энди Роддика в 1/8 финала.
Он отменил Открытый чемпионат Австралии-2008 из-за травмы. После очень длительного перерыва из-за травм он вернулся на теннисный корт на турнире в Марселе . Сразу же он вышел в финал, в котором проиграл британцу Энди Мюррею . На пути к финалу он победил Маркоса Багдатиса, а также местного героя и финалиста Открытого чемпионата Австралии 2008 года Джо-Вилфрида Цонгу . На Уимблдоне он дошел до четвертьфинала, где потерпел поражение от пятикратного победителя турниров и номер один в мире Роджера Федерера .
Наивысшие позиции Анчича в мировом рейтинге были 7-м в одиночном разряде и 47-м в парном разряде.
22 февраля 2011 года Анчич объявил о своем уходе из активного тенниса из-за постоянных травм и болей в спине.